Diamond blastx结果
Web今天用blastx将我的转录本序列在uniprot蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1000条吧。实在是有点慢，于是我想到之前耳闻的diamond，据说速度非常快，于是我测试了下。没想到，这工具居然那么快。根据diamond介绍，它有以下特点比blast快500到2 WebOct 9, 2024 · 生信软件：diamond 介绍： diamond软件是NCBI推出的blast+升级版本（应该是的）。 功能： 寻找同源序列. 使用： 1.建库. diamond makedb --in nr.faa -d nr --in 填写建库所需的序列文 …
Diamond blastx结果
Did you know?
Web这样就完成了运行blastx查找非冗余蛋白质数据库，用0.001的e值并产生xml格式的 输出结果文件（这样我们可以继续下一步解析）。 在我的电脑上运行这条命令花了大约6分钟 - 这就是为什么我们需要保存输出到文件。 WebFeb 5, 2024 · 二、diamond程序 1. 安装diamond程序. 在diamond下载界面获得下载链接. wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.17/diamond …
WebFeb 21, 2024 · 结果解读网上很多，这里不啰嗦了。 以下是我在同样条件下测试的diamond： 平均内存消耗：11.01G；峰值：12.44G. cpu：1个（571.17%）也就是会自动占用5-6个cpu. 运行时间：00:26:15. 而且diamond注明了，它的优势是处理>1M 的query，量越大速度越快。 diamond的简单用法： WebFeb 18, 2024 · 当然不止可以使用Diamond比对结果，还可以使用blast的结果。 MEGAN特有文件格式：RMA. 这是MEGAN自己的文件格式，用于存储序列和数据库比对结果，就是RMA格式文件，以.rma格式为后缀，比如BLAST结果，当然这里还有我们的 Diamond输出结 …
Webblastn：将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比对。; blastp：将给定氨基酸序列与氨基酸数据库中的序列进行比对。作用：可以寻找较远源的序列；; blastx：将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成氨基酸序列，并与氨基酸数据库中的序列进行比对。作用：对分析新序列和EST（Expressed ... WebDiamond Hill has an amazing variety of different quartz crystals including amethyst, smoky, skeletal, milky, clear, and phantom. The mine has also become known for the rare phosphate mineral, cacoxenite (pictured on …
WebDec 20, 2024 · 第二步：选择blast工具. 根据不同的需求，比如说你用的序列是氨基酸还是核苷酸，你要查找的数据是核甘酸还是氨基酸，选择合适的blast工具。. 不同需求的对应关系可以见下图（来自biostars handbook）. 不同工具的应用范围虽然不同，但是基本参数都是一致 …
WebAug 21, 2024 · blast及其格式输出简介. 1）blast产生背景. 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计算消耗大。. 当与数据库比对 … great outdoors comedy festival halifaxWeb什么是KOBAS？. KOBAS是北京大学魏丽萍老师实验室推出的一个进行KEGG注释的工具，分为Web版本与本地版。. 其中Web版本基于blast的注释只能一次最多300条sequences，这很明显不符合当代基因组注释的使用场景。. 而本地版则没有这种限制，而且我们几万条序列可以几百 ... great outdoors comedy calgaryWeb安装时间：2024.2.3 1. 简介 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)，是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行局部相似性比对分析的工具，其中包括blastn（核酸比核酸），blastp（蛋白比蛋白）和blastx（核酸比蛋白）、tblastn（蛋白比核酸）等工具。 2. 安装 2.1 利用conda安装 2.2官网下载安装包，解压缩后安装 ... great outdoors colorado trust fundWeb今天的推文给大家介绍一下钻石(diamond)，目前的引用量已经超过1000，一款非常适合在处理大数据量的蛋白质或者核苷酸序列分析中替换blastx/blastp。 据分析，当针对NCBI … floor jack handle set screwDIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches,designed for high performance analysis of big sequence data. The keyfeatures are: 1. Pairwise alignment of proteins and … See more Diamond is actively supported and developed software. Please use the issue tracker for malfunctions and the GitHub discussionsfor questions, comments, feature requests, etc. See more Since 2024, DIAMOND is developed by Benjamin Buchfink at the Drost lab, Max PlanckInstitute for Biology Tübingen. From 2024-2024, its development was supported by … See more great outdoors comedy festival edmontonWebdiamond blastp --db nr -query bbb.fa -out ab.txt. --query/-q：输入检索序列. --out/-o：输出文件，默认以 --outfmt 6 输出结果和BLAST+的 --outfmt 6 结果一致. --sensitive：提高敏感 … floor jack hydraulic repairWebMar 29, 2024 · diamond makedb --in swissprot -d swissprot （3）blastx比对： Evalue设定为1e-5，每query输出1条对应hit。阈值设定规则见参考2。 diamond blastx -d swissprot -q my_unigenes.fa -k 1 -e 0.00001 -o swiss_dia_matches.m8 得到的swiss_dia_matches.m8文件格式如下表所示，第二列为swissprot accession number： great outdoors comedy festival tickets